Uniwersytet Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie - Centralny System UwierzytelnianiaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Bioinformatyka dla kognitywistów (fakultet)

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: F-FBIK-K-Z-1S Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu: Bioinformatyka dla kognitywistów (fakultet)
Jednostka: Instytut Filozofii
Grupy:
Punkty ECTS i inne: 3.00
Język prowadzenia: polski
Wymagania wstępne:

Brak wymagań wstępnych. Kurs ma charakter wprowadzający. Znajomość podstaw programowania w dowolnym języku będzie pomocna.

Godzinowe ekwiwalenty punktów ECTS:

Godziny kontaktowe z prowadzącym zajęcia realizowane w formie np. konsultacji (łączna liczba godzin w semestrze): 10

Godziny kontaktowe z prowadzącym zajęcia realizowane w formie zajęć dydaktycznych (łączna liczba godzin w semestrze): 30

Przygotowanie się studenta do zaliczeń i/lub egzaminów (łączna liczba godzin w semestrze): 20

Studiowanie przez studenta literatury przedmiotu (łączna liczba godzin w semestrze): 30


Sposób weryfikacji efektów kształcenia:

Ustny sprawdzian wiedzy teoretycznej oraz egzamin praktyczny polegający na zaprojektowaniu i implementacji 2-3 algorytmów.

Skrócony opis:

Bioinformatyka może zostać zdefiniowana jako dyscyplina wykorzystująca narzędzia informatyczne w celu rozwiązywania niektórych problemów pojawiających się w naukach biologicznych (szczególnie w ramach biologii obliczeniowej, biologii molekularnej, genetyki, genomiki czy neurobiologii). Portal ROSALIND jest jednym z darmowych i kompleksowo opracowanych narzędzi dydaktycznych pozwalających na jednoczesne rozwijanie kompetencji programistycznych i biologicznych dzięki szeregowi zadań o zróżnicowanym poziomie trudności.

Pełny opis:

Bioinformatyka może zostać zdefiniowana jako dyscyplina wykorzystująca narzędzia informatyczne w celu rozwiązywania niektórych problemów pojawiających się w naukach biologicznych (szczególnie w ramach biologii obliczeniowej, biologii molekularnej, genetyki, genomiki czy neurobiologii). Portal ROSALIND jest jednym z darmowych i kompleksowo opracowanych narzędzi dydaktycznych pozwalających na jednoczesne rozwijanie kompetencji programistycznych i biologicznych dzięki szeregowi zadań o zróżnicowanym poziomie trudności. W trakcie laboratoriów studenci kognitywistyki zapoznają się z teoretycznymi podstawami bioinformatyki (30% czasu trwania zajęć) jak również będą mieć możliwość projektowania algorytmów analizujących i przetwarzających różnorodne postacie informacji biologicznej (70% czasu trwania zajęć).

Przykładowe problemy, które będą od studenta wymagać zaprojektowania stosownego algorytmu ich rozwiązania:

1) modelowanie procesu transkrypcji;

2) tworzenie łańcucha DNA komplementarnego do danego;

3) zastosowanie ciągu Fibonacciego w bioinformatyce;

4) obliczanie masy cząsteczkowej białka;

5) modelowanie splicingu (wycinania intronów i łączenia eksonów);

6) modelowanie zjawiska dryfu genetycznego;

7) algorytmy analizy filogenetycznej

Literatura:

1) Ramsden, J. (2015). Bioinformatics. An Introduction

2) Stevens, T.J. & Boucher, W. (2015). Python Programming for Biology. Bioinformatics and Beyond

3) Choudhuri, S. & Kotewicz, M. (2014). Bioinformatics for beginners: genes, genomes, molecular evolution, databases and analytical tools

Efekty kształcenia:

Student zna relacje łączące bioinformatykę z kognitywistyką i innymi dyscyplinami naukowymi.

[K_W01, K_W02, K_W03]

Zna terminologię opisującą różne postaci informacji biologicznej.

[K_W04, K_W05]

Zna kierunki rozwoju badań bioinformatycznych i metody w nich stosowane.

[K_W14]

Potrafi wyszukiwać i nazywać problemy bioinformatyczne oraz oceniać ich znaczenie dla kognitywistyki.

[K_U03]

Umie modelować procesy przetwarzania informacji biologicznej za pomocą podstawowych algorytmów bioinformatycznych.

[K_U13]

Pogłębia swoją wiedzę o bioinformatyce i roli jaką pełni ona w relacji do innych nauk.

[K_K01]

Wykazuje analityczne podejście do problemów bioinformatycznych i jest w stanie dokonać przynajmniej częściowej ich algorytmizacji.

[K_K02]

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2016/2017" (zakończony)

Okres: 2016-10-01 - 2017-02-01
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Marcin Rządeczka
Prowadzący grup: Marcin Rządeczka
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie.